Первые эндоскопические исследования в Когалымской городской больнице начали выполняться в 1989 году, когда был приобретен фиброгастродуоденоскоп отечественного производства «ЛОМО». После закупки нового эндоскопического оборудования, в больнице начинают выполняться фибробронхо- и колоноскопии. С января 2002 года кабинет был реорганизован в эндоскопическое отделение.
В отделении выполняются различные виды диагностических и лечебных эндоскопий, включая санационные фибробронхоскопии, установки зондов для энтерального питания, извлечение инородных тел, полипэктомии, аргоноплазменную коагуляцию при желудочно-кишечных кровотечениях, ретроградную холангиопанкреатикографию с папиллосфинктеротомией, литоэкстракцией, механической литотрипсией, стентированием желчных протоков при различных заболеваниях гепатопанкреатодуоденальной зоны (ГПДЗ). Отделение оснащено современным видеоэндоскопическим оборудованием и инструментами фирмы «OLYMPUS».
Ежегодно специалистами службы выполняется более 3500 различных эндоскопических исследований.